軟件介紹

cytoscape是一款專業(yè)的信息數(shù)據(jù)分析和編輯軟件，它的主要功能是幫助用戶分析各種數(shù)據(jù)，通過多種形式的網(wǎng)絡(luò)圖形為用戶顯示分析結(jié)果，讓用戶能夠更好地了解數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)和變化趨勢。cytoscape通常被使用在生物信息分析等領(lǐng)域，有需要的用戶敬請下載。

特色功能

以多種標(biāo)準(zhǔn)格式加載分子和遺傳相互作用數(shù)據(jù)集

項目和集成全局?jǐn)?shù)據(jù)集和功能注釋

在這些數(shù)據(jù)之間建立強(qiáng)大的可視化映射

使用細(xì)胞視圖應(yīng)用程序執(zhí)行高級分析和建模

可視化和分析人為策劃的路徑數(shù)據(jù)集，如維基路徑、反應(yīng)堆和KEGG。

安裝教程

JAVA安裝：java8是否已安裝？

如果沒有安裝或環(huán)境變量的配置等，安裝Cytoscape時候點擊提示出：是否安裝java，點擊是即可。

其他默認(rèn)安裝就可以，可以更改安裝目錄。(但不建議瞎改)

安裝好了之后需要設(shè)置環(huán)境變量。

在環(huán)境變量中，要修改兩個地方，一個是添加JAVA_HOME。選擇“新建”，變量名填上JAVA_HOME，變量值填上C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_151，在java的安裝過程中，默認(rèn)一直下一步安裝，所以裝在C盤，如果你在安裝過程中改了，那可能是D盤或者E盤，那么變量值要做相應(yīng)的更改。

還要修改一個地方，就是Path，添加JAVA的變量值到Path中：選擇Path，然后點“編輯”，在最后面添加如下語句：%JAVA_HOME%\bin。

打開命令提示符cmd，輸入java -version，如果能正常顯示，那表明裝好了，你就可以裝Cytoscape了。

使用教程

1. 安裝并打開Cytoscape

2. 導(dǎo)入蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫中參考物種的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

網(wǎng)絡(luò)文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安裝目錄下有Sample Data，是部分網(wǎng)絡(luò)文件的示例。

本地導(dǎo)入?yún)⒖嘉锓N的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

Cytoscape默認(rèn)將文件第一行作為列名。如果文件第一行是基因，在導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)時要在Advanced Options中取消用第一行作為列名。

然后選擇每一列數(shù)據(jù)的屬性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同時對應(yīng)不同顏色和圖標(biāo)標(biāo)記。

導(dǎo)入后，右上部窗口內(nèi)展示蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖，右下部為網(wǎng)絡(luò)圖的相關(guān)節(jié)點 (Node) 及邊 (Edge) 的數(shù)據(jù)信息。左側(cè)為導(dǎo)入的網(wǎng)絡(luò)目錄和網(wǎng)絡(luò)屬性 (Style) 設(shè)置菜單。

從公共數(shù)據(jù)庫中獲得參考物種的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

例如要導(dǎo)入某個物種的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)：選擇物種和想要查看的數(shù)據(jù)庫，搜索包含該物種蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫，導(dǎo)入數(shù)據(jù)(時間稍長)。

3. 在Layout選項下可以選擇方便觀測的布局(默認(rèn)導(dǎo)入的布局方式為Perfuse Force Directed Layout)。

4. 設(shè)置網(wǎng)絡(luò)節(jié)點和邊的風(fēng)格 (Style)

在Style選項卡下Node設(shè)置中對點的形狀、顏色、大小等進(jìn)行設(shè)置。例如：選擇Shape為圓形、Fill Color為灰色、節(jié)點的高度 (Meight) 和寬度 (Width) 為50.0。

在Style選項卡下Edge設(shè)置中對邊的形狀、顏色、大小等進(jìn)行設(shè)置。例如，將連線的顏色設(shè)置為藍(lán)色，同時設(shè)置到Target方向的箭頭同樣為藍(lán)色。

5. 導(dǎo)入差異表達(dá)基因及其屬性列，映射到互作網(wǎng)絡(luò)中作為各節(jié)點的拓?fù)湫再|(zhì)。

選取目標(biāo)網(wǎng)絡(luò)、設(shè)置關(guān)鍵列 (Column1)、選擇需要的節(jié)點屬性列(可以選取多列，本例選取Column2，并重命名為Label，其中為up/down數(shù)據(jù))。

6. 根據(jù)上下調(diào)基因 (up/down) 標(biāo)示網(wǎng)絡(luò)，定義上調(diào)基因 (up) 為紅色，下調(diào)基因 (down) 為藍(lán)色。

7. 導(dǎo)出數(shù)據(jù)

導(dǎo)出圖像Export Network as Graphics。

導(dǎo)出數(shù)據(jù) Export Table。

可導(dǎo)出數(shù)據(jù)面板中的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點、邊和整體網(wǎng)絡(luò)的信息。

在彈出窗口編輯導(dǎo)出文件名。