軟件介紹

ImageJ是一款專業級別的圖形分析工具，具有非常強大的對比功能，可以對各種顯微鏡下照片進行分析以及數據統計，在生物及醫學圖像分析中起到非常重要的作用，當然只要需要圖像分析的領域，這款軟件都能發揮作用，歡迎網友前來下載使用。

軟件特色

1、可運行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus等多種平臺。

2、ImageJ官方免費版能夠顯示，編輯，分析，處理，保存，打印8位，16位，32位的圖片。

3、支持絕大部分圖片格式，包括TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多種格式。

4、ImageJ支持圖像棧功能，即在一個窗口里以多線程的形式層疊多個圖像， 并行處理。

5、ImageJ可以進行豐富的基本圖像操作， 比如縮放，旋轉， 扭曲， 平滑處理外等。

6、能進行圖片的區域和像素統計， 間距角度計算， 能創建柱狀圖和剖面圖，進行傅里葉變換。

7、ImageJ是一個開放結構的軟件，基于java的公共的圖像處理軟件， 支持用戶自定義插件和宏。

8、自帶編輯器， 并且導入了java的編譯器，實現了簡單的IDE功能，用戶可直接進行圖像處理。

使用方法

使用Multi-Point工具進行計數

打開ImageJ軟件，File，Open打開待分析圖片：

點擊point工具，右擊，選擇Multi-Point工具，手動點擊進行計數：

點擊Analyze–>Measure，可以看見此時計數數量為23個，保存圖片即可。

Cell Counter進行細胞計數

點擊Plugins–>Analyze–>Cell Counter，界面如下：

點擊Initialize，可以對不同類型的細胞進行計數：

可以看見Type1、Type2、Type3計數結果分別為2、1、2個。本方法可以同時對不同類型的細胞進行計數。點擊Cell Counter中的Results就可以看見不同類型細胞的數量。Cell Counter與Multi-Point手動計數方法相比可對不同細胞類型計數。

常規自動計數過程

打開ImageJ軟件，File –>Open打開需要分析的圖片：

Image –> Type -> 8-bit (改為灰度圖像)

Image -> Adjust -> Threshold 調節閾值，紅色代表選中，使所有細胞核均被選中，Dapi圖中閾值為11-255 –> Apply

注：熒光圖片背景為黑色，需要勾選下面的Dark background，表示背景為黑色

Apply以后圖片為：

對于豆子圖片，閾值范圍為37-255->Apply

Apply后得到圖片為：

從上面Apply后的圖片可以看到很多細胞連在一起，細胞計數時需要將其分開。

Process -> Binary -> watershed (分水嶺分割方法，將連在一起的細胞分開)

得到分割效果如下：

安裝方法

1、首先等待ImageJ軟件官方下載完成

2、使用壓縮軟件解壓文件

3、雙擊運行“ImageJ.exe”開始安裝

4、自定義安裝目錄后等待安裝完成后即可注冊登錄使用