該游戲為動作闖關類游戲，承接上一集的故事情節，三年前在《恐龍危機1》中歷劫歸來、負責研究“第三能源”的卡克博士這次獲得政府的支持繼續進行研究工作，并設置一座小型人工城市，但不幸的事繼續降臨在卡克博士身上，一整座人工城市竟然憑空消失，取而代之的卻是一片寂靜的史前叢林……在這突如其來的奇異狀況下，蕾吉娜只好與新伙伴迪蘭再度踏上找尋博士的旅程。 平靜的湖面上，一道霹靂閃過之后，時空之門被打開了，一艘特種部隊的小艇橫空出現，去尋找古世紀恐龍復活的真相。夜晚林中露營時，遭遇群恐龍襲擊，正絕望時，群龍紛紛掉頭逃走，原來此時出現一超級霸王龍，射擊、喊叫、撕咬、爆炸、追逐、逃亡……